با توجه به وقوع پدیده های خشکسالی و بحرانهای آب و انرژی در منطقه در جلسه مورخ1387/5/12 ستاد عالی خشکسالی استان خوزستان موضوع تأسیس پژوهشـکده آب و انرژی جندی شاپور مورد تصویب قرار گرفت و در تاریخ 1387/7/15 تفاهم نامه ای فی مابیـن دستگاه های اجرایی جهت احداث پژوهشـکده آب و انرژی جندی شـاپــور تأیید و تصویب گردید.  و مجوز تأسیس این پژوهشکده توسط شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم تحقیقات و فناوری  طی نامه شماره 23507/22 مورخ 1387/12/28به دانشگاه شهید چمران اهواز ابلاغ شد و در نهایت مجوز موافقت قطعی طی نامه شماره 243777 مورخ 1397/10/1با تغییر نام پژوهشکده به پژوهشکده آب و انرژی های تجدیدپذیر و با گروه بندی جدید توسط شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم تحقیقات و فناوری به دانشگاه شهید چمران اهواز ابلاغ شد.